Wacana pendirian Fakultas Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam (FMIPA) Universitas Tanjungpura (UNTAN) dipelopori oleh Rektor Untan periode 1982-1991 (Prof. Dr. H. Hadari Nawawi) yang ditindaklanjuti dengan pembentukan Badan Pengelola Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam (BPMIPA) Untan pada tahun 1992 berdasarkan Surat Keputusan Rektor Universitas Tanjungpura nomor: 4669/PT29.H/E/1992 tanggal 26 November 1992. Penggantian pengurus BPMIPA kemudian dilakukan berdasarkan Surat Keputusan Rektor Universitas Tanjungpura nomor: 193a/J22/KP/1999 tanggal 1 April 1999.

Pada tanggal 9 November 2001, Direktur Jenderal Pendidikan Tinggi Departemen Pendidikan Nasional mengeluarkan surat nomor: 3494/D/T/2001 tentang izin penyelenggaraan proses pembelajaran untuk empat Program Studi masing-masing Matematika, Fisika, Kimia, dan Biologi jenjang strata satu (S1) di Universitas Tanjungpura. Seleksi penerimaan mahasiswa mulai dilakukan pada tahun ajaran 2002/2003 melalui jalur ujian dan non ujian tulis dan diterima sebanyak 160 mahasiswa. Pada tahun 2006, FMIPA Untan secara definitif ditetapkan melalui SK Rektor UNTAN No. 119/J22/OT/2006 tanggal 9 Januari 2006.